Moleküldefinitionen

PDB-Dateien

Das PDB-Format wird von der RCSB Protein Data Bank verwendet, dort kann auch die Beschreibung zum Datenformat heruntergeladen werden. Leider alles auf Englisch und sehr umfangreich.

Das Format funktioniert aber auch mit kleineren Molekülen

α-Aminosäuren

Alanin

ATOM      1  N   ALA     1       0.039  -0.028   0.000  1.00  0.00              

ATOM      2  CA  ALA     1       1.499  -0.043   0.000  1.00  0.00              

ATOM      3  C   ALA     1       2.055   1.361   0.000  1.00  0.00              

ATOM      4  O   ALA     1       1.301   2.383   0.012  1.00  0.00              

ATOM      5  CB  ALA     1       1.956  -0.866  -1.217  1.00  0.00              

ATOM      6  OXT ALA     1       3.314   1.524  -0.012  1.00  0.00              

ATOM      7 1H   ALA     1      -0.315  -0.995   0.000  1.00  0.00              

ATOM      8 2H   ALA     1      -0.300   0.461   0.841  1.00  0.00              

ATOM      9 3H   ALA     1      -0.300   0.461  -0.841  1.00  0.00              

ATOM     10  HA  ALA     1       1.847  -0.534   0.928  1.00  0.00              

ATOM     11 1HB  ALA     1       3.058  -0.939  -1.274  1.00  0.00              

ATOM     12 2HB  ALA     1       1.571  -1.903  -1.181  1.00  0.00              

ATOM     13 3HB  ALA     1       1.610  -0.425  -2.172  1.00  0.00              

TER

In der 3. Spalte stehen die Namen der Atome C steht für Kohlenstoff und CA für das Alpha-Kohlenstoffatom C-Alpha.

In der 6-8. Spalte stehen die räumlichen Koordinaten x,y,z.

Beispiel: Glyzin - die einfachste Alpha-Aminosäure, die Seitenkette besteht nur aus einem Wasserstoffatom.

Die Aminogruppe NH3(+) wird gebildet aus den Zeilen 1, 6 und 9 bis 10.

Die Karboxylgruppe COO(-) wird gebildet aus den Zeilen 3 bis 5.

Das zentrale Kohlenstoffatom C-Apha steht in der Zeile 2.

Das Wasserstoffatom, am C-Alpha steht in Zeile 7, der Name HA wird für die Markierung mit JavaScript gelesen.

Die Seitenkette, in diesem Fall auch ein Wasserstoffatom, steht in der Zeile 8, hat ebenfalls den Namen HA zusätzlich aber die 1 angehängt, damit eine Unterscheidung von dem anderen Wasserstoffatom möglich ist, für die Markierung der Seitenkette mit JavaScript.

Glyzin

ATOM      1  N   GLY     1      -1.476   0.232   0.252  1.00  0.00
ATOM      2  CA  GLY     1      -0.012   0.296   0.348  1.00  0.00
ATOM      3  C   GLY     1       0.596  -0.652  -0.648  1.00  0.00
ATOM      4  O   GLY     1      -0.124  -1.320  -1.368  1.00  0.00
ATOM      5  OXT GLY     1       1.916  -0.760  -0.740  1.00  0.00
ATOM      6 1H   GLY     1      -1.736  -0.252  -0.592  1.00  0.00
ATOM      7  HA  GLY     1       0.292   0.020   1.364  1.00  0.00
ATOM      8  HA1 GLY     1       0.320   1.320   0.132  1.00  0.00
ATOM      9 2H   GLY     1      -1.636  -0.236   1.132  1.00  0.00
ATOM     10 3H   GLY     1      -1.916   1.136   0.272  1.00  0.00
TER