JMol - Projekt

JMol ist ein Programm zur räumlichen Darstellung von Molekülen.

JMol ist ein Open Source Projekt und steht unter der LGPL und wird aktiv entwickelt. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig. Ein Java-Applet von Jmol findet bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser Verwendung.

Download und Informationen: http://jmol.sourceforge.net/

JMol darf nach der LPGL (Lesser General Public License) u.a. auch auf Webseiten eingesetzt, weiterentwickelt und in andere Programme als Bibliothek eingebunden werden. Damit erlaubt die Lizenz die Verwendung von JMol in einer Joomla-Komponente. Diese Komponente werde ich demnächst hier zum Download einstellen. Aber vorher muss ich sie noch programmieren.

Einen ersten Versuch mit Aminosäuren habe ich schon mal zur Ansicht eingebunden.

Moleküldefinitionen

Um Moleküle räumlich darzustellen benötigen die einzelne Atome Koordinaten und die Angabe der Bindungen zu den anderen Atomen. Diese Daten nachfolgend Moleküldefinitionen genannt, sind im JMol selbst nicht enthalten.

D.h. um fertige Beispiele einzubinden, muss ich noch frei verwendbare Moleküldefinitionen finden oder ggf. selbst erstellen.

Proteine kann man z.B. bei der RCSB Protein Data Bank finden.

Einfachere Moleküle (z.B. H₂O, kann man selbst erstellen, wenn man die theoretischen Bindungswinkel berücksichtigt. Diese stimmen, wegen der sich überlagernden Kräfte oft nicht ganz genau mit der Wirklichkeit überein, aber erlauben es ein annäherndes 3 - Dimensionales Modell zu erstellen.

Dafür gibt es auch Programme, z.B. Isis Draw (Symyx Draw),  ChemSketch™ oder Avogadro.

ChemSketch™ von Advanced Chemistry Development, Inc. (ACD/Labs) ist für die private Verwendung als Freeware verfügbar. Für kommerzielle Zwecke ist eine Lizenz erforderlich, die in meinem Fall über 600 € kosten würde, was bezüglich der Möglichkeiten des Programmes ein durchaus fairer Preis ist. Allerdings ist der Preis doch etwas hoch, wenn man, wie ich nur eine Handvoll Beispiele erstellen möchte.  Trotzdem habe ich mir das Programm angesehen und kann es auch empfehlen.

Avogadro ist ein plattformübergreifender Editor (Windows, Linux und Mac OS X) für Molekül-Modellierung.  Das Programm ist Free und Open Source. Es steht unter der GNU GPL zur Verfügung. Damit können Moleküle erstellt werden und in verschieden Formaten gespeichert werden. Zusätzlich dazu ist die Übergabe an POVRay (Raytracing Programm - Open Scource) möglich. Die Bedienung ist nicht ganz so intuitiv möglich, wie bei ChemSketch, aber mit etwas Geduld kann man sich da realtiv schnell einarbeiten.

Isis Draw ist ein Programm zum Zeichnen von chemischen Strukturformeln. Viele Templates erleichtern das Arbeiten. Die Strukturformeln lassen sich direkt in Office Dokumente einbinden. Zwischenzeitlich gibt es eine neuere Version: Symyx Draw.

Das Programm kann bei Symyx bezogen werden. Für den nicht kommerziellen Einsatz ist das Programm kostenlos. Für den kommerziellen Einsatz ist auch hier eine Lizenz erforderlich, die Kosten dafür liegen ab 600 € aufwärts.

Für die Erstellung meiner Beispiele habe ich mich vor allem aus kostengründen für Avogadro entschieden. In Puncto Möglichkeiten und Bedienkomfort hat mich ChemSketch™ allerdings überzeugt und diese Programm würde für mich im Falle eines entsprechenden Kundenauftrages mit einem passenden Auftragsvolumen die 1. Wahl sein.

Bei Isis Draw hat mir die Möglichkeit die Daten direkt in Excel zu verwenden sehr gefallen, dies ist aber ein ganz anders Einsatzgebiet.